سازمان گمرك ایران ، از یك ستاد مركزی و 10 حوزه نظارت تشكیل گردیده است . رئیس كل گمرك كه سمت معاونت وزیر امور اقتصادی و دارائی را دارا می‌باشد ، بالاترین مقام گمرك ایران است . ستاد مركزی كه بر مناطق ده گانه و گمركات اجرائی مستقر در تهران سرپرستی و نظارت دارد از حوزه ریاست كل و چهار معاونت ، تشكیل گردیده است . حوزه های نظارت ده گانه در مناطق مختلف كشور ، بر گمركات اجرائی نظارت دارند . در تهران گمركات مهرآباد ، شهریار، غرب ، جنوب تهران ، امانات پستی و نمایشگاه زیرنظر ستاد مركزی فعالیت می‌كنند .
تعداد گمركات اجرائی كشور كه در تهران و شهرستانها و اقصی نقاط مرزی و بعضی از جزایر خلیج فارس و بازارچه‌های مرزی كشور مستقر هستند ، مشتمل بر 129 واحد است .
ستاد مركزی گمرك ایران متشكل از واحدهائی است كه نقش هدایت كننده و هماهنگ سازی حوزه های نظارت و گمركات كشور را برعهده دارند و حسب مورد ، به ابلاغ مقررات ، دستورالعملها و مصوبات و سایر اقداماتی كه جهت اجرا لازم است اعلام شود ، اقدام می‌نماید و یا به رسیدگی و اعلام نظر نهائی در مورد سئوالات یااختلافاتی می‌پردازد كه ازطرف گمركات كشور ، استعلام شده‌اند. بدین منظور اداره كل حراست ، اداره كل هماهنگی امور مناطق ، دفتر روابط عمومی و بین‌الملل ، اداره كل بازرسی و كمیسیون رسیدگی به حل اختلافات گمركی تحت نظارت رئیس كل انجام وظیفه می‌نمایند .
معاونتهای چهارگانه گمرك ایران مشتمل بر ادارات كل و دفاتری به شرح ذیل می‌باشند:
  • معاونت امور گمركی مشتمل است بر دفاتر امور واردات – امور صادرات – اداره كل تعیین ارزش و تعرفه .
  • معاونت حقوقی مشتمل بر اداره كل نظارت بر ترانزیت – اداره كل بازبینی و دفتر حقوقی و قضایی می‌باشد .
  • معاونت اداری و مالی شامل ادارات كل خدمات و تداركات - اموراداری – امور مالی و دفاتر ساختمان و طرحهای عمرانی – تشكیلات و بودجه است .
  • معاونت طرح و برنامه متشكل است از دفتر برنامه ریزی و بهبود سیستمهای گمركی – دفتر آمار و خدمات ماشینی ، دفتر آموزش و تحقیقات و نیز پروژه ملی اتوماسیون گمركی (نگار) است .